После последней миссии, в которой принимал участие "USS Энтерпрайз", он прибывает на Звёздную Базу Федерации, Йорктаун. Джим Кирк собирается получить звание вице-адмирала и стать новым комендантом базы, оставив корабль на своего старпома, коммандеру Споку.
В это время на базу прилетает поврежденный корабль с инопланетянкой по имени Калара. Она сообщает, что её корабль застрял на Алтемиде, которая находится вне зоны действия радаров Флота из-за электромагнитного воздействия местной туманности. Кирк принимает решение лететь через туманность, так как "Энтерпрайз" снабжен лучшим навигационным оборудованием во всем флоте. После пересечения туманности, "Энтерпрайз" был внезапно атакован и разбит. Целью нападавших был инопланетный артефакт, оставшийся на "Энтерпрайзе" после последней миссии.
